TargetScan数据库

TargetScan是一个功能十分强大的基因调控预测数据库。该数据库利用保守的靶标基因序列和microRNA序列特征预测microRNA调控的靶标基因。TargetScan可以帮助研究人员确定microRNA与靶基因之间的关系，从而更好地理解生物调控的机制，并且为研究microRNA的治疗潜力提供了更全面的资源。本文将为您详细介绍TargetScan数据库的相关内容。

一、TargetScan数据库的介绍

TargetScan是由美国哈佛医学院的David P. Bartel实验室创建的一个基因调控预测数据库。该数据库整合了不同物种的microRNA和靶基因，主要包括自然选择的保守靶标，数据积累的非保守靶标以及对于靶标的详细注释信息。其数据来源较为丰富，包括基因序列和注释信息来自多个基因组数据库，如NCBI和Ensembl，microRNA序列信息来自miRBase数据库。目前，TargetScan提供了人类、小鼠、斑马鱼、果蝇、线虫等多种常见物种的靶标预测分析服务。研究人员可以通过其网站发布预测任务，也可以通过提供自己的靶标和microRNA序列进行分析。

二、TargetScan数据库的功能

TargetScan主要提供了以下几个功能：

1. 靶标预测：TargetScan数据库将已知的microRNA序列与不同物种的保守序列进行比对，从而确定microRNA上下游的可能靶标基因。该预测基于两个主要因素：microRNA与靶基因的稳定匹配、与保守序列的共同进化；同时会考虑microRNA结构、局部化、转录因子以及其他因素。用户可以通过该功能预测可能的靶标基因，并进行进一步的功能研究。

2. 靶标注释：TargetScan还提供了对靶基因的详细注释信息，包括靶标的基因信息、功能信息以及其在生物学过程中所扮演的角色。

3. 功能富集分析：用户可以将预测的靶标基因进行GO富集分析，以更好地了解这些基因所代表的biological process、cellular component以及molecular function。

4. 数据下载：用户可以下载所有靶基因的基因序列和注释信息，或者对于所需要的数据进行选取并下载。可以用于后续的分析和处理。

三、TargetScan数据库的使用方法

1. 注册：在使用TargetScan之前，需要先注册账号，免费使用。

2. 进入TargetScan数据库主页：http://www.targetscan.org/。

3. 靶标预测：点击“Predicted Targets”进入预测页面，选择所需物种，输入microRNA名称或序列，选择版本和score cutoff，确定目标序列等参数，点击“Predict”完成预测任务。

4. 靶标注释：在TargetScan主页上，选择“Annotations”功能，输入靶标名称或gene ID，即可查询该靶标在数据库中的注释信息。

5. 功能富集分析：在TargetScan主页上，选择“Functional Analysis”功能，选择所需物种和功能富集类型，在弹出的界面中输入预测的靶标基因集合，生成富集分析结果。

6. 数据下载：在TargetScan主页上，选择“Downloads”功能，选择所需物种和下载类型，即可下载相应数据。

四、TargetScan的应用案例

1. 参见文献1

Ago H, et al. A conserved mechanism for microRNA-451 feedback and spatiotemporal regulation in neural progenitors. Development. 2017 July 11; 144(13): 2488-499. PMID: 28592662.

文章通过使用Targetscan预测和确定microRNA-451的靶标基因，并进一步分析microRNA-451与自我更新、增殖和细胞命运决策的关系。

2. 参见文献2

Grijota-Martinez C, et al. Identification of a novel miRNA:mRNA regulatory network in follicular lymphoma. Blood. 2019 March 21; 133(12): 1299-311. PMID: 30670657.

文章使用Targetscan对靶标基因进行预测，筛选出了在滤泡性淋巴瘤发生中重要的miRNA:mRNA模式，并进一步证实了该模式的生物学功能和意义。

综上所述，TargetScan是一个功能强大的基因调控预测数据库，其预测机制高度可靠，能够快速有效地预测microRNA与靶基因之间的关系，为基因调控的研究提供了有力的工具和平台。 如果你喜欢我们三七知识分享网站的文章， 欢迎您分享或收藏知识分享网站文章 欢迎您到我们的网站逛逛喔！https://www.ynyuzhu.com/